La flotte des Bateaux-Mouches transporte des passagers sur la Seine depuis 1949, date à laquelle Jean Bruel a lancé le premier navire à coque en aluminium depuis le Port de la Conférence. Le nom ne vient pas des insectes mais du quartier lyonnais de la Mouche, où les bateaux originaux étaient fabriqués. Dès 1952, la compagnie exploitait six navires. Aujourd'hui, quatorze bateaux parcourent le couloir central de treize kilomètres entre la tour Eiffel et l'Île Saint-Louis, passant sous vingt-trois ponts et longeant les deux rives des arrondissements historiques. Les charters privés ont émergé comme un service parallèle dans les années 1960, lorsque les délégations diplomatiques et les entreprises ont eu besoin d'une utilisation exclusive des navires de cent cinquante places. Ce format convient aux groupes recherchant des itinéraires flexibles, des horaires de départ personnalisés et un contrôle sur le service à bord. Un charter privé en bateau à Paris part du même quai que les croisières publiques mais suit des itinéraires négociés entre le client et le capitaine. La plupart couvrent la boucle allant du Pont de l'Alma vers l'est jusqu'à Notre-Dame, en revenant par la Rive Gauche. La durée du trajet varie de soixante à quatre-vingt-dix minutes selon le trafic fluvial et le nombre d'arrêts photos. La fenêtre opérationnelle reflète les contraintes de marée et les horaires d'éclairage. Les départs du matin entre dix et onze heures offrent une lumière rasante sur la façade du Musée d'Orsay et moins de foule à la Conciergerie. Les créneaux du soir coïncident avec la séquence d'illumination horaire de la tour Eiffel, qui commence au coucher du soleil et dure jusqu'à vingt-trois heures. Le capitaine réduit la vitesse des moteurs près de Notre-Dame et sous le Pont Neuf pour permettre des vues dégagées. Le brouillard hivernal réduit parfois la visibilité en dessous des minima de sécurité, entraînant des annulations coordonnées par l'autorité des Voies Navigables de France. Le quai des Bateaux-Mouches occupe la rive nord au Pont de l'Alma, trente mètres en aval de la statue du Zouave qui sert de jauge de crue à la ville. Lors de la crue de 1910, l'eau a atteint les épaules de la statue. Les croisières privées modernes sur la Seine à Paris opèrent selon des limites de tirant d'eau strictes pour protéger les piles en pierre du Pont Marie et du Pont Royal, toutes deux des constructions du XVIIe siècle. Les coques en aluminium de la flotte ont un tirant d'eau inférieur à un mètre, permettant un passage sûr même lorsque la sécheresse d'août fait baisser le niveau de la rivière de quarante centimètres en dessous de la normale.